凡例八则卷一总论脉学源流定脉部位尺寸解六部脉解左心膻中肝胆肾小肠、右肺胸中脾胃命大肠·辨定至数二十七脉名目有胃气者生脉贵有神读缓字法四时平脉浮、沉、迟、数四大纲浮沉迟数对待总论微与细对微细虚与实对虚实
简介序凡例卷首卷一卷二卷三卷四卷五卷六卷七卷八卷九卷十卷十一卷十二
序正文卷（一）独参汤参附汤生脉饮保元汤四君子汤香砂六君子汤当归补血汤佛手散四物汤圣愈汤地骨皮饮犀角地黄汤四生丸当归六黄汤黄建中汤双和饮人参养荣汤归脾汤妙香散天王补心丹酸枣仁汤朱砂安神丸卷（二）补中益气
玉石部上品丹砂玉泉玉屑云母石钟乳朴硝芒硝硝石玄明粉生硝矾石滑石空青曾青石胆绿青赤石脂白石脂青石脂黑石脂黄石脂白石英紫石英禹余粮太一余粮无名异绿矾柳絮矾婆娑石中品雄黄石硫黄雌黄食盐水银石膏金屑银屑生银灵
自叙第一册·诸中门卒中暴厥中风中寒中暑中湿中气中食中恶五绝第一册·诸伤门伤暑伤湿伤燥伤饮食伤劳倦虚劳传尸劳第一册·寒热门发热潮热恶寒往来寒热外热内寒外寒内热上热下寒上寒下热疟厥第二册·诸气门诸气郁痞水
《本草衍义》提要序卷一序例上衍义总叙卷二序例中卷三序例下内容卷四玉泉丹砂空青绿青云母石钟乳朴硝芒硝硝石英硝矾石滑石紫石英白石英赤石脂白石脂石中黄子婆娑石无名异菩萨石卷五金屑银屑水银水银粉雄黄雌黄石硫黄
序先议病后用药极闸人定议病式论金道宾真阳上脱之症金道宾后案辨袁仲卿小男死证再生奇验并详诲门人辨黄长人伤寒疑难危证治验并详诲门人治金鉴伤寒死证奇验辨徐国祯伤寒疑难急证治验治钱仲昭伤寒发危证奇验治伤寒坏证
缪序卷一一、卒尸二、痹三、？（痉）四、痿五、厥六、伤寒六经余证七、大头肿痛（附:蛤蟆瘟）蛤蟆瘟八、霍乱九、瘟病十、伤暑十一、疟十二、疸十三、劳（劳极 烦热 劳瘵）劳极烦热劳瘵卷二十四、热十五、吐衄下血
叙卷之一咽喉大纲论喉舌分经说咽喉看治法总要十六绝症又四绝症右手图左手图针穴图卷之二精选应用诸方（九方）制药法（四法）爰采应用诸方（十二方）卷之三咽喉门第一（十一症图说）帘珠喉呛食哑喉内外肿喉风热喉紫色
简介本草纲目拾遗小序卷一 水部卷二 火部·土部·金部·石部卷三 草部上卷四 草部中卷五 草部下卷六 木部卷七 藤部·花部·果部上卷八 果部下·诸谷部·诸蔬部卷九 器用部·禽部·兽部卷十 鳞部·介部·虫