叙上卷一、太极图抄引二、太极图（图缺）三、太极图说四、不知《易》者不足以言太医论五、问三才所同者于人身何以见之六、命门图说（图缺）七、右肾水火辩九、《难经正义》三焦评附：东垣三焦论十、问诊三焦包络十一
序一序二序三序四序五述古八则麻疯二十一论麻疯三十六种辨症图说五不治（轻亦可治）五主治内治九法外治六法疯门总论疯门总药正治诸方变治诸方攻下诸方外治诸方点痣法瘰烂法雷火针法千金方
新雕百一选方序奉敕校正百一选方表《曝书亭集》所载《百一选方》跋百一选方序是斋百一选方序新刊续添是斋百一选方目录卷之一第一门（丹药）三神丹法太素丹白丹金液丹太上紫霞丹水金丹雄朱丹蜀仙丹资寿小金丹第二门（
序一序二集解序卷上诊候入式歌五脏歌心脏歌一心脏歌二心脏歌三肝脏歌一肝脏歌二肝脏歌三脾脏歌一脾脏歌二脾脏歌三肺脏歌一肺脏歌二肺脏歌三肾脏歌一肾脏歌二肾脏歌三左右手分诊五脏四时脉歌左手寸口心脉歌左手关部肝
导言五菜药解韭菜葱薤（蒜苗）葵藿五谷药解粳米小麦大豆黍米(又称糯小米、黄米)芝麻(又名胡麻、脂麻)五果药解杏李桃栗枣五畜药解猪肉牛肉羊肉鸡肉狗肉
痎疟论疏
妙一斋医学正印种子编
妇科百辩
脉诀考证
序浮（阳）沉（阴）迟（阴）数（阳）滑（阳中阴）涩（阴）虚（阴）实（阳）长（阳）短（阴）洪（阳）微（阴）紧（阳）缓（阴）芤（阳中阴）弦（阳中阴）革（阴）牢（阴中阳）濡（阴）弱（阴）散（阴）细（阴）伏（阴