序一序二序三例言卷上疡证总论疡科调治心法略义申明外疡实从内出论辨脑疽对口论脑疽后论辨百会疽玉枕疽论辨夭疽锐毒虚实论辨大头瘟抱头火丹毒论辨鬓疽额疽论辨凤眉疽眉心疔眉发论辨眼丹眼漏论辨眼胞菌毒眼胞痰核论辨
第1部分第2部分第3部分
绪言卷一摄生第一阴阳第二脏象上第三脏象下第三卷二脉色上第四脉色下第四经络上第五卷三经络下第五标本第六气味第七论治第八卷四疾病第九病机邪气阴阳卷四疾病第十经脏虚实时令卷五疾病第十一五气情志风厥伤寒卷五疾
序新刻药鉴卷之一寒热温平四赋，增补东垣未尽之意药性（寒门）药性（热门）药性（温门）药性（平门）新刻药鉴卷之一用药分根梢制药资水火用药丸散例解药毒法用药生熟法药性阴阳论病症标本论取方之法论各经补泻及专主
述古斋医书叙叙二叙三叙四叙五凡例卷一·辨证觇神气审形色诊面察眼察耳察唇口察齿察鼻准验舌苔诊指纹察手足听声按胸腹询溲便候脉卷二·立法按法摩法掐法揉法推法运法搓法摇法汗法吐法下法针法灸法法砭法浴法法疏表法
一百二十穴玉龙歌中风口眼斜头风偏正头风头风痰饮头项强痛牙疼乳蛾鼻渊不闻香臭眉目间痛心痛三焦上焦热痴呆赤目目病隐涩目热目烂目昏耳聋聋疠喑痰嗽喘急咳嗽腰痛伤风咳嗽鼻流清涕喘气喘哮喘痰嗽口气气满气肩肿痛肘挛
叙卷之一咽喉大纲论喉舌分经说咽喉看治法总要十六绝症又四绝症右手图左手图针穴图卷之二精选应用诸方（九方）制药法（四法）爰采应用诸方（十二方）卷之三咽喉门第一（十一症图说）帘珠喉呛食哑喉内外肿喉风热喉紫色
卷一经候门经闭痛经潮热、蒸热、寒热鼻衄带下崩漏阴肿门卷二种子门卷三胎前门恶阻胎动不安漏胎心腹胀满
第1部分第2部分
卷上勿药须知疗心法言林鉴堂安心诗养心说养肝说养脾说养肺说养肾说斋说食忌说食饮以宜居室安处论居处宜忌说寝室宜忌说卧时祝法睡诀孙真人卫生歌真西山卫生歌养神气铭孙真人养生铭谨疾箴导引却病法内养下手诀运气法固