自序卷上石膏滑石芒硝甘草黄人参桔梗术白头翁卷中黄连黄芩柴胡贝母细辛当归芎芍药牡丹皮茵陈蒿艾麻黄地黄葶苈大黄大戟甘遂附子半夏芫花五味子栝蒌实葛根防己卷下香豉泽泻薏苡仁薤白干姜杏仁大枣橘皮吴茱萸瓜蒂桂枝浓
序一序二卷上例言卷上杂症中风章伤风章中寒章暑病章注夏章湿症章火症章内伤章伤食章六郁章气病章痰病章咳嗽章干咳喘病章哮病章疟病章霍乱章泄泻章痢疾章呃逆章卷中杂症痞块积聚章呕吐恶心章噎膈反胃章吞酸吐酸章水肿
序脉象大旨左右手配脏腑部位五脏平脉四时平脉呼吸沉浮定五脏脉三部所主诊脉之道脉阴阳类成妇人脉法小儿脉诊家宗法附录诸脉条辨持脉总论
仁斋直指方论
序自序凡例卷之一调经门论经主冲任二脉论心脾为经血主统论脾胃生血论经不调由风邪客于胞中论三月一来为居经论师尼寡妇异乎妻外家之治论调经当抑气论调经先去病论调经大法论经水异色论经候愆期论月水多少论月水不利论
卷上春温时疠湿温暑燥病寒病冬温疟疾卷下女科幼科痘科痧疹外科
素问玄机原病式
书《玉机微义》后序兰室集·医家十要兰室誓戒戒行吟调鼎吟风火暑湿燥寒发热腹痛头痛腰痛胁痛心痛牙疼眼目泻痢疟（又名）咳嗽吐衄血溺血下血诸气漏淋小水不禁（详淋）喉痹诸疮漏疮疥风癣痔疮疮疝香港脚转筋痿内伤痰饮
药性歌括四百味
《续编》序卷上赤石脂栝楼根蜀漆生姜卷下桃仁巴豆蜜虫虻虫阿胶粳米小麦大麦粉赤小豆胶饴酒醇酒清酒法醋苦酒美酒酰白酒浆水清浆水白饮饮暖水沸汤麻沸汤鸡子白鸡子黄鸡屎白马通汁猪膏猪脂猪肤猪胆獭肝羊胆羊肉蜘蛛蛴螬